Il 19 aprile 1927 sotto il suo comando, i cristeros si macchiarono di uno dei fatti più atroci, controversi e dibattuti della guerra, anche se è bene specificare che certezze sulla storia non ce ne sono. Nella sua versione più probabile sembra che Padre Vega, insieme al famosissimo El Catorce del quale parlerò in seguito, messo al corrente dall'arcivescovo Orozco che un treno stava trasportando da Guadalajara alla capitale una grossa quantità di denaro del Banco de Mexico, decise di attaccare il convoglio fermo alla stazione di La Barca per finanziare la guerra cristera e svegliare anche la parte della popolazione ancora addormentata, ancora succube della propaganda governativa.
L'attacco ai treni d'altronde era uno strumento molto utilizzato dai cristeros per rubare armi ed obbligare l'esercito a distaccare uomini a protezione di ponti, tunnel e stazioni sottraendoli di conseguenza al combattimento.
Reyes Vega ed El Catorce fecero dunque deragliare il treno, per poi intraprendere un conflitto armato con i federali, i quali colti di sorpresa vennero sconfitti. Sicuramente morirono nel fuoco incrociato anche vari civili.
Prima di dileguarsi, Padre Vega, probabilmente in piena “trance agonistica” ed accecato dal desiderio di vendetta per via del fatto che suo fratello era morto nello scontro armato, ordinò di chiudere tutte le porte dei vagoni ed appiccare il fuoco al treno. C'erano dei feriti all'interno, forse addirittura qualche civile. E tutti, si stima una cinquantina di persone, morirono carbonizzati.
Manco a dirlo, le versioni dei fatti furono totalmente differenti. Il governo per screditare agli occhi dell'opinione pubblica il movimento cristero e la Chiesa tutta, incolpò l'arcivescovo di esser autore intellettuale del massacro ed ovviamente sfruttò questo avvenimento come scusa ideale per intensificare la persecuzione contro il clero e l'aumento dei massacri. Nelle pagine dei giornali che raggiungevano ogni lato del paese, c'era scritto che i cristeros avevano ucciso senza pietà ed a sangue freddo con pistole e coltelli, chiunque stava dentro ai vagoni, anche donne, anziani e bambini, senza distinguere soldati e civili, ed alla fine avevano bruciato vivi tutti i sopravvissuti, impedendo la fuga alla persone chiudendo i vagoni dall'esterno con delle sbarre di ferro.
Nella versione cristera, invece l'azione fu chirurgica, un puro atto di eroismo in cui ci fu trattamento di assoluto riguardo per i civili, utilizzati vigliaccamente dai soldati come scudi umani e messi invece in salvo dalle milizie cristere. Inoltre, secondo loro, dentro al treno al quale fu appiccato il fuoco, non c'erano più persone vive ma solo soldati morti.